虎門港澳客運碼頭于1984年7月2日開港，是國內最早開放的國家一類口岸之一。
1984年9月-2007年11月中港城線：廣深高速通車前，東莞至香港中港城航線是莞港兩地出行最便捷的路徑，為東莞改革開發、引進外資，奠定東莞“世界工廠”基礎立下汗馬功勞！ 1994年航線客量達峰值43.5萬人次，中港城航線從1984至2007年期間共運送旅客38387萬人次。
2003年9月開通香港機場線：虎門至香港機場航線，首創“海空聯運”這一全球客運新模式，實現了船與飛機無縫鏈接。從開航至今，機場航線共運送旅客487萬人次，旅客輻射至全球220個國家及地區。
2019年10月開通澳門航線：率先開通虎門港澳客運碼頭直達澳門氹仔客運碼頭的水上客運航線，將澳門納入東莞“1小時交通圈”的范圍，為莞澳兩地搭起了一條便捷的水上高速通道。從開航至今，澳門航線共運送旅客11.9萬人次。（數據截止至2021年6月7日）
目前，旅客可在碼頭享受76家航空公司上游接駁服務，15家航空公司直接辦理登機，41家航空公司直接辦理行李直掛，連續7年榮獲香港國際機場管理局頒發的優質顧客服務獎個人卓越獎、優質顧客服務獎企業團隊卓越獎，連續保持零事故、極高適航率及值機率，在業界及廣大旅客中間樹立了良好的口碑。
虎門港澳客運公司在船舶管理及科學更替方面做了大量工作。從2015年開始連續建造“獅子洋7”、“獅子洋8”、“獅子洋9”三艘新船，分別于2017年4月28日“獅子洋7”正式投入運營，2018年9月8日“獅子洋8”正式投入運營，2021年1月12日“獅子洋9”客輪順利完工交付，并在同年5月獲得航線營運資質。
